本发明涉及一种液体深层发酵转基因工程菌生产人或动物金属硫蛋白(MT)制品的方法，该方法是将转基因工程菌通过液体深层发酵，大量培养表达人或动物MT的重组工程菌，进而通过粗滤去渣、离心洗涤、制取表达目的MT的重组工程菌活菌冻干制品；或将离心洗涤的重组工程菌经聚电解质络合，制取含表达目的MT的重组工程菌活菌微胶囊。所表达的目的MT是人或任何一种动物的，不受人或某种动物脏器来源困难的限制，均可进行工业化生产；生产过程不受自然条件的制约，且易于规模化；通过对重组工程菌的选育或改进发酵条件，能不断提高产量、降低生产成本。